• РЕГИСТРАЦИЯ
Коронавирус. Последние новости

Панголиновая "сенсация"

4 1935

О недавней "панголиновой сенсации", которая позиционировала малазийских муравьедов как источник коронавируса COVID-19.

Коронавирусная семейка - SARS-CoV-2 и «родственники»

Итак, как обещал, о SARS-CoV-2-подобных коронавирусах малазийских муравьедов (Manis javanica), которых, для краткости, я буду называть панголинами. Прежде всего главное – большая сенсация не состоялась – «недостающее звено» между диким миром природы и SARS-CoV-2 не обнаружено. Тем не менее, в статье содержится много новой, важной и интересной информации о разнообразии коронавирусов в природе. До недавнего времени, внимание вирусологов было сфокусировано на летучих мышах. Эти животные являются «разносчиками» многих вирусов, опасных для человека – бешенство, Эбола, SARS-CoV-1 (синоним - SARS-CoV), MERS-CoV. Естественно, что с открытием SARS-CoV-2, «корни» этого вируса стали искать у летучих мышей. Довольно быстро был установлен «главный подозреваемый» - коронавирус летучей мыши RaTG13, сходство генома которого с геномом SARS-CoV-2 составляет 96%. Но, во-первых, 4% различий это много для «непосредственного предшественника», а во-вторых, в геноме SARS-CoV-2 были обнаружены особенности, отсутствующие у RaTG13 и прочих коронавирусов летучих мышей, образующих с SARS-CoV-2 монофилетическую группу (группа происходящая от единого предка и чётко отграниченная от других таких групп). Эта группа получила название «линия SARS-CoV-2 и родственники» (в оригинале: SARS-CoV-2 related lineage). Другая монофилетической группа на «древе» бета-коронавирусов, наиболее родственная группе SARS-CoV-2, это группа «линия SARS-CoV-1 и родственники» (в оригинале: SARS-CoV-1 related lineage). Последняя группа включает изоляты от больных SARS (эпидемия 2002-2003гг.) и многочисленные сходные вирусы летучих мышей. Один из таких вирусов, наиболее сходный с изолятами от человека, был выделен от зверька циветта (civet) . На этом основании было заключено, что циветты были промежуточным хозяином при межвидовом переносе коронавируса от летучих мышей к человеку (летучая мышь – циветта – человек). А вот картина в группе «SARS-CoV-2 и родственники» вырисовывается другая. Членами этой группы, и это убедительно доказано в статье, оказались не только вирусы летучих мышей, но и вирусы панголинов. Причём, исследование сравнительно небольшого числа образцов обнаружило две хорошо разделённые линии коронавирусов панголинов. Вообще, складывается впечатление, что эта работа приоткрыла дверь к огромному разнообразию коронавирусов в дикой природе. В геномах открытых коронавирусов панголинов есть множественные признаки рекомбинаций. Всё это говорит о том, что коронавирусы в природе «перемещаются» с вида на вид, рекомбинируют, вследствие чего возникает множество вариантов, разнообразие которых непредсказуемо, по крайней мере, при нынешнем уровне знаний.


«Генеалогическое древо» SARS-CoV-1/2 и родственных вирусов представлено ниже (взято из препринта статьи в Nature : https://doi.org/10.1038/s41586... )

Это древо результат сложного анализа полногеномных РНК (последовательностей нуклеотидов в геномной РНК SARS-CoV-2; длина каждой из этих геномных последовательностей 29400-29500 нуклеотидов). По научному такой анализ называется филогенетическим анализом. Используемые в нем вычислительные алгоритмы очень сложны, достаточно сказать, что теоретически возможное количество вариантов деревьев с таким количеством последовательностей это астрономическое число. Пересчитать все варианты не хватит мощностей всех существующих супер компьютеров. Поэтому разработаны эвристические алгоритмы поиска деревьев, структура которых максимально точно отражает ход эволюции организмов, геномы которых анализируются. Специалистов, которые разрабатывают эти алгоритмы, очень немного. Среди них австралиец Эдвард Холмс (Edward Holmes) - один из авторов этой статьи - и именно он проводил филогенетический анализ, представленный в статье. Не путайте с его однофамильцем Шерлоком! Кстати, в статье, все авторы, кроме Холмса, китайские ученые.

Возвращаясь к дереву — красными кружочками обозначены вирусы панголинов. Как видите, они четко делятся на две группы. Материалы, из которых «добыты» эти вирусы, получены независимо в разное время в результате конфискации специальной службой китайской таможни контрабандных органов и тканей панголинов. Дело в том, что панголины (редкий, исчезающий вид) в Китае не обитают, но их мясо считается деликатесом, а чешуя используется в традиционной китайской медицине. Поэтому панголины живые или «в разобранном» виде контрабандой поставляются в Китай. С этим активно борются, но полностью остановить «панголин-трафик» не удаётся. Но хоть, по крайней мере, учёным от этого что-то перепало.

Снова возвращаюсь к дереву. Число 100 у некоторых «узлов ветвления» это показатель надежности данного узла (так-называемый «bootstrap support value”). Как он рассчитывается это довольно сложно. Если кто займется филогенетическим анализом, узнаете. Поверьте на слово, что если стоит 100 это значит, что ветви, исходящие из этого узла, достоверно разделены. Если вы присмотритесь внимательно к дереву, то увидите, что самый близкий к SARS-CoV-2 это вирус летучей мыши RaTG13. Вирусы панголинов на филогенетическом дереве занимают менее родственные позиции. И тем не менее, и это интригует, у вирусов панголинов обнаружилось чрезвычайно высокое сходство с SARS-CoV-2. Да ещё в чём - в структуре участка поверхностного белка S, который отвечает за «швартовку» вируса к клеточному рецептору (который, как почти все теперь знают, называется АСЕ2). С этой швартовки и запускается процесс приводящий к развитию COVID-19.

Но, в соответствии с традициями сериала, об этом в следующей «серии».

https://prof-afv.livejournal.c... - цинк



Для тех, кто не в курсе про то, кто такие панголины.

    Испытавшая на себе российскую медицину японка объяснила низкую смертность в РФ

    Россия является одним из мировых лидеров по числу заболевших коронавирусом, но при этом она демонстрирует поразительно низкую статистику смертности. Испытавшая на себе российскую медицину японка объяс...

    Революционеры российского разлива дождались инструкций

    Утренний обход Твиттера в очередной раз показал, что доморощенные революционеры отечественного разлива способны только на косплей чужих идей и жалкую пародию на чужие инициативы. На волне американских...

    Ювенальщики в атаке против Уполномоченного по правам ребенка при Президенте РФ

    У агентов Запада, которые любыми неправдами и манипуляциями протаскивают в России антисемейные законы, есть много оппонентов и врагов, с которыми они воюют своими привычными методами - ...

    Ваш комментарий сохранен и будет опубликован сразу после вашей авторизации.

    0 новых комментариев

      Colonel Cassad Сегодня 14:03

      Не можешь победить - возглавь

      Некоторые американские полицейские решили не бороться с мародерством, а присоединиться к нему. Реклама https://colonelcassad.livejournal.com/5913794.html ...
      789
      Colonel Cassad Сегодня 12:11

      ЧВК Вагнер в Миннесоту не выдвигается

      Мое интервью для "АСД" о протестах в США. ЧВК Вагнер в Миннесоту не выдвигается В чем реальная причина протестов в США? - Формальной причиной протестов является убийство полицейскими афроамериканца Джорджа Флойда, которое попало на видео. Убийца и убитый ранее были знакомы. У обоих имелись серьезные «залеты» в прошлом. Но по сути, эт...
      771
      Colonel Cassad Сегодня 08:12

      Демократия с верховенством закона

      Гонконг - Отличные кадры США - Застрелите этих головорезов! Про обсуждение ситуации в Гонконге и Миннеаполесе в Совете Безопасности ООН. Особенно улыбнуло объяснение американского полпреда относительно сравнений ситуаций в Гонконге и Миннеаполисе. "Это другое!". Во время закрытых обсуждений в Совете Безопасности в пятницу, которые отражали усил...
      1056
      Colonel Cassad Сегодня 07:53

      "За Джорджа Флойда"

      Вчерашнее и сегоднешнее с протестов "За Джорджа Флойда". Прекрасно все. Не останавливайтесь. Реклама     Реклама ...
      3108
      Colonel Cassad Вчера 20:21

      Демократия с верховенством закона

      Гонконг - Отличные кадры США - Застрелите этих головорезов! Про обсуждение ситуации в Гонконге и Миннеаполесе в Совете Безопасности ООН. Особенно улыбнуло объяснение американского полпреда относительно сравнений ситуаций в Гонконге и Миннеаполисе. "Это другое!". Во время закрытых обсуждений в Совете Безопасности в пятницу, которые отражали усиление...
      1121
      Colonel Cassad Вчера 19:44

      Майданов в Белоруссии не будет

      Батька Лукашенко в своем искрометном стиле заявил, что не допустит майданов в Белоруссии. Ни перед выборами президента, ни вообще. Об этом Лукашенко заявил на встрече с руководителем КГБ Белоруссии. Также Лукашенко помянул и российские СМИ, которые критиковали его за позицию по коронавирусу. Относительно Украины, Лукашенко Зеленского похвалил, но относительно про...
      988
      Colonel Cassad Вчера 17:46

      Засада в Дэвенпорте

      В городе Дэвенпорт (штат Айова) сотрудники полиции попали в засаду протестующих американцев. Полицейскую машину подкарауливали 8 человек. Один из полицейских получил пулевое ранение. В ходе ответного огня на поражение были застрелены двое гражданских.Несколько человек арестовано, после того, как машина на которой они удирали, попала в аварию. Лица поддерживающи...
      3578
      Colonel Cassad Вчера 14:41

      Поправка Зарифа

      Министр иностранных дел Ирана Джавад Зариф у себя в Твиттере выложил исправленную версию заявления Помпео о протестах в Иране. Если помните, относительно недавно, США с пафосом вещали о том, что иранский режим скоро падет (в комментариях тогда бегали чудесные персонажи с криками, что режим аятолл на этот раз обречен), что иранская полиция жестко разгоняет протесту...
      1206
      Colonel Cassad Вчера 13:36

      Украинские учебники истории: Ложь, русофобия, антисоветчина

      Знакомство с шедеврами украинской "исторической мысли", которыми пичкают детей в украинских школах. Зимой автор уже выпускал видео про российские учебники, где накопал немало трэша, теперь настала пора украинских. Реклама Лично для меня особых откровений тут конечно не было. И писал про подобное не раз, да и сам во время учебы в школе всю эт...
      1033
      Colonel Cassad Вчера 13:32

      АТО в Миннеаполисе

      Участник АТО Богдан Вечирко пытался на полной скорости проехать на грузовике через толпу протестующих в Миннеаполисе. По счастливой случайности никого не переехал. Грузовик остановили, карателя с Донбасса вытащили и избили. Чуть позднее он был арестован полицией.   Реклама В самом Миннеаполисе уже несколько дней продолжают...
      2189
      Colonel Cassad Вчера 12:22

      Погромы в Вашингтоне

      Свежие погромы в Вашингтоне, которые докатились и до Белого Дома, где полиции пришлось блокировать толпы протестующих двигавшихся к Белому Дому. Реклама В протестах уже нашли русский след https://russian.rt.com/inotv/2020-06-01/Pryamikom-iz-russkoj-metodichki-Syuzan. А вы что ду...
      10325
      Colonel Cassad Вчера 10:29

      Самые важные достижения человечества произростали и будут произростать в украинской расе

      Глава украинского еврейского комитета Эдуард Долинский на связи: «Идут ряды, гремят ряды и купаются в крови, закаляются в огне. Огонь и кровь, жизнь и воля, или смерть пылают в их груди… Слышишь крик - Зиг хайль! Хайль! Зиг хайль!». В честь автора этих строк, идеолога украинского социал-национализма, основателя украинской расовой теории и на...
      688
      Colonel Cassad Вчера 08:00

      Протесты и погромы в США в зарубежной карикатуре

      Протесты и погромы в США в зарубежной карикатуре. Происходящее является просто подарком для карикатуристов, которые изгаляются по поводу происходящего в США как могут.     Реклама Актуальная карика...
      2251
      Colonel Cassad Вчера 07:59

      США будут определять Антифа как террористическую организацию

      Агент Дональд на связи: Поздравляем нашу Национальную гвардию за отличную работу, которую они проделали сразу же после прибытия в Миннеаполис, штат Миннесота, прошлой ночью. ANTIFA во главе с анархистами, среди прочего, были быстро закрыты. Это должно было быть сделано мэром в первую ночь, и не было бы никаких проблем! Города и штаты, находящиеся под управлени...
      2542
      Colonel Cassad Вчера 07:54

      Страна первого мира

      Избиение владельца магазина, который пытался мешать протестующим громить его имущество. И еще один идентичный случай. Реклама Избиение пенсионерки, которые пыталась помешать разгрому своего магазинчика в Рочестере. Так теперь выглядит "страна первого мира". Хотя местами уже на Африку или Ближний Восток похоже. https://colonelcass...
      2910
      Colonel Cassad 31 мая 19:42

      "Русский наемник" Ибрагим Хисам Хашанович

      В ПНС Ливии заявили, что в южных районах Триполи захватила "список российских наемников". Правда когда выложили фотографии, выяснилось, что там не русские, а сплошные арабы/ливийцы. На русском только позывные и список ролей, которые участники списка играют в бою. Выглядит как результат работы (если документ не подделка) обычного военного инструк...
      1396
      Colonel Cassad 31 мая 19:39

      Киев перестанет стрелять, лишь когда война надоест Западу

      Конец весны, которая не стала переломной Подходит к концу очередная весна. В Донбассе добавляли различные эпитеты к этому времени года, начиная с 2014-го. Была русская, потом кровавая, обещали победную, но в итоге в 2020 году заканчивается коронавирусная, но также пока без победы. Даже примирительной так и не случилось, хотя были надежды, что может что-то измен...
      946
      Colonel Cassad 31 мая 18:17

      Стыковка Crew Dragon с МКС

      Для тех, кто волновался. Стыковка американского корабля Crew Dragon выведенного на орбиту ракетой Falcon 9 c Международной Космической Станцией. Реклама Трансляция. ...
      11869
      Colonel Cassad 31 мая 16:56

      Хьюстон, у нас проблема

      Беспорядки и публичное сожжение флага США в Хьюстоне. На Ближнем Востоке одобряют такой подход. Реклама ...
      1868
      Colonel Cassad 31 мая 15:20

      Преступление без срока давности. Финские концлагеря и современность

      Еще в конце прошлого лета на сайте журнала «Рабкор» вышла моя статья, посвященная столь сильно обсуждаемой теме Сандармоха. Я тогда был рад, что за счет, по сути, международного скандала вокруг лесного урочища под Медвежьегорском, люди стали хоть что-то узнавать и хоть что-то слышать о советско-финском противостоянии в 1941-1944 гг. Однако этот скандал...
      829
      Служба поддержи

      Яндекс.Метрика