Класть - положить

Очень интересная эта пара класть-(с)ложить. 

Первое. Пара эта уникальна для русского языка, на её примере ничего сказать об общих закономерностях русского языка нельзя. Нечто подобное можно найти, например, в паре идти - ходить, но там у составляющих несколько разное семантическое наполнение, наша же пара различается исключительно грамматикой.

Второе. Это никак не синонимы. Это явление, скорее, можно отнести к супплетивизму - образованию разных форм одного слова от разных корней, правда, оно, скорее, относится к словоизменению, не к словообразованию.

Третье. Приставка здесь ни при чем. Хорошо известная нам ложка - форма, родственная ложить, ложка - то, чем ложат. Зато колода родственна складывать. Разделение же глаголов на формы с "клад" и "лож" идёт по линии грамматического вида: глаголы совершенного вида требуют "лож": сложить, выложить, наложить; несовершенного - "клад/класт": класть, складывать, выкладывать, накладывать. Сразу заметим, что современная категория грамматического вида сложилась в русском языке сравнительно недавно - не ранее XVI века. Кроме того, следует иметь в виду, что в близкородственных языках (украинском, например) такого четкого разделения по грамматической роли у этих глаголов нет. Всё это позволяет сделать вывод, что рассматриваемое явление сложилось в русском очень недавно.

Объяснение же этого явления - разделения глаголов по грамматической функции - следует искать не в в сфере образования синонимов, а наоборот, разделения их по значению.

Или более подробно. Как можно видеть из всего сказанного, в русском языке к какому-то времени сложилась пара "синонимов". В подавляющем большинстве случаев язык постепенно изживает полную синонимичность, происходит либо устаревание одного из "синонимов", либо разделение по значению. В нашем случае такое разделение произошло по линии грамматической роли - по грамматическому виду: совершенный вид глагола-несовершенный вид глагола. (с)