Зачем предки включали в свой алфавит непроизносимые знаки — например, «Ъ»?

Потому как раньше эти звуки произносились. Скажем, буква Ъ сейчас до сих пор продолжает произноситься как особый гласный звук в болгарском языке. Чтобы понять, как его раньше произносили, достаточно посмотреть на то, как пишется имя «Пётр» в русском и болгарском языках: Пётр — Петър. Там, где мы произносим некий невнятный звук типа а/э/ы между Т и Р, болгары слышат свой звук, с которого, кстати, могут начинаться и слова — ъгъл — угол.

Раньше такой звук был и в русском языке, сравните, например, как в ХІІІ веке писались слова, скажем, «мох», «сон», «рожь» — «мъхъ», «сънъ», «ръжь», — и писали их подобным образом не просто так, а потому, как наши предки слышали тогда звук, передававшийся буквой Ъ, так же отчётливо, как сейчас его слышат болгары. Потом, вследствие развития русского языка звук [ъ] либо превратился в [о], либо исчез вовсе, оставив о себе воспоминание — чередование в указанных мною словах с нулём звука — мох → мха, сон → сна, рожь → ржи. А теперь давайте посмотрим, как эти слова выглядят в современном болгарском: мъх, сън, ръж.

Приведу похожий пример. В современном русском языке принято «акание» — то есть, мы пишем «корова», «молоко», «дорога» и т. д., — а говорим через «а» — «карова», «малако», «дарога». Так вот, скажем в вологодском диалекте и в украинском языке эти слова продолжают произноситься через чёткое «о». В украинском так и читают: «ко-ро-ва», «мо-ло-ко», «до-ро-га» (с фрикативным «г»). То есть, у нас так пишется, но не читается, а в украинском так и пишется, и читается.

Давайте посмотрим на другие языки, у которых тоже есть непроизносимые буквы.

Скажем, в современном французском буква h не читается вовсе, она участвует только в формировании диграфа «ch» для обозначения звука [ш]. Более того, звук у буквы h был утерян всеми потомками латыни, он сейчас вообще не читается нигде среди романских языков. А вот у других языков, которые успели позаимствовать слова из латинского языка, это звук читается как [h] — ср.: латинское слово humano — человеческий, от лат.: homo — человек → homme (фр., чит.: «ом») дало human (англ., чит.: «хьюмэн»). То есть нероманские языки сохранили исходный латинский звук, который все романские языки уже перестали произносить.

А вот ещё пример, скажем, в том же французском крышечка над гласными типа â, ê, ô, î, û стоит не просто так, а напоминает нам, что когда-то после этой гласной произносилась буква S, ср. французский и испанский: goût — gusto (вкус), tête — testa (голова), maître — maestro (учитель), être — estar (быть) и т. д..

Как мы можем с вами видеть на этих примерах, если в орфографии что-то пишется, но не произносится, то это там стоит не просто так, а когда-то это произносилось, но в процессе развития языка просто перестало произноситься или слилось с другими звуками.